Organisationsskiss. Insynsråd Generaldirektör Ledningsgrupp Ledningsstaben Personalenheten Kommunikationsenheten Avdelningen för administration Ekonomienheten Juridiska enheten Arkiv- och serviceenheten Avdelningen för digitalisering Enheten för digitalisering och förvaltningsledning Enheten för drift och infrastruktur Enheten för utveckling och systemförvaltning Enheten för IT-styrning och analys Avdelningen för miljöanalys Miljöövervakningsenheten Miljöinformationsenheten Miljöuppföljningsenheten Enheten för internationell utveckling Avdelningen för vattenförvaltning Vattenmiljöenheten Miljöprövningsenheten Enheten för biologisk mångfald Avdelningen för havsförvaltning Havsmiljöenheten Havsplaneringsenheten Fiskeregleringsenheten Fisketillståndsenheten Avdelningen för fiskerikontroll Fiskeriövervakningsenheten Fiskeriuppföljningsenheten Enheten för fältkontroll Anslagsråd Säkerhetsråd Kommunikationsråd Digitaliseringsråd

Myndigheten är organiserad i avdelningar och enheter. Varje avdelning är i sin tur indelad i enheter.

Myndighetens ledningsgrupp består av cheferna för myndighetens fem avdelningar, personalchefen samt chefen för ledningsstaben .