Generaldirektör
Havs- och vattenmyndigheten leds av generaldirektör Anna Ledin. Hon ansvarar inför regeringen när det gäller myndighetens verksamhet. Som stöd i sitt arbete har hon ett insynsråd, där hon är ordförande.
Generaldirektören är myndighetschef, enligt regeringens instruktion för Havs- och vattenmyndigheten. Till generaldirektörens stöd finns en ledningsgrupp, där myndighetens avdelningschefer ingår.
Ställföreträdande generaldirektör
Avdelningschefen för avdelningen för administration är ställföreträdande generaldirektör och är den som ersätter generaldirektören när denne inte är i tjänst.
Om varken generaldirektören eller ställföreträdande generaldirektören är i tjänst, inträder som tjänsteförrättande generaldirektör, avdelningscheferna i den ordning som generaldirektören har beslutat.
Insynsråd
Insynsrådet står i medborgarnas tjänst. Det är ett rådgivande organ, som inte har rätt att fatta beslut. Varje ledamot utses av regeringen för sin särskilda kompetens. Uppdraget är att säkra medborgarnas insyn i verksamheten och ge myndighetschefen råd.
