Generaldirektör
Havs- och vattenmyndigheten leds av generaldirektör Anna Ledin. Hon ansvarar inför regeringen när det gäller myndighetens verksamhet. Som stöd i sitt arbete har hon ett insynsråd, där hon är ordförande.
Generaldirektören är myndighetschef, enligt regeringens instruktion för Havs- och vattenmyndigheten. Till generaldirektörens stöd finns en ledningsgrupp, där myndighetens avdelningschefer ingår
Ställföreträdande generaldirektör
Om generaldirektören inte är i tjänst eller på tjänsteresa, är chefen för ledningsstaben ställföreträdande generaldirektör.
Om varken generaldirektören eller ställföreträdande generaldirektören är i tjänst eller är på tjänsteresa, inträder som tjänsteförrättande generaldirektör avdelningscheferna i den ordning som de har förordnats som chef för en avdelning på HaV. Tjänsteförrättande generaldirektören har samma lednings- och beslutsbefogenheter som generaldirektören.
Insynsråd
Insynsrådet står i medborgarnas tjänst. Det är ett rådgivande organ, som inte har rätt att fatta beslut. Varje ledamot utses av regeringen för sin särskilda kompetens. Uppdraget är att säkra medborgarnas insyn i verksamheten och ge myndighetschefen råd.
