Om befälhavaren har brutit mot bestämmelserna genom att inte ha gjort en förhandsanmälan, inte gjort en förhandsanmälan i rätt tid, utan medgivande ankommit hamn före eller mer än en timme efter den tid som angetts i förhandsanmälan, inte påbörjat landning i anslutning till ankomst till hamn eller vid annan anmäld tidpunkt eller inte gjort anmälan om redskap, så kan Havs- och vattenmyndigheten besluta om sanktionsavgift.
Sanktionsavgiften ska bestämmas till 5 000 kr om fiskefartyget har en längd understigande 12 meter, 10 000 kr om fiskefartyget är 12 meter långt eller längre men understigande 24 meter, och 25 000 kr om fiskefartyget har en längd av 24 meter eller mera.
Om befälhavaren har lämnat felaktiga uppgifter i förhandsanmälan eller utelämnat uppgifter i förhandsanmälan så kan Havs- och vattenmyndigheten besluta om sanktionsavgift om 2 000 kr.
En befälhavare har strikt ansvar för att bestämmelserna om förhandsanmälan följs. Det innebär att befälhavaren ska betala sanktionsavgiften även om överträdelsen inte har skett uppsåtligen eller av oaktsamhet. Men sanktionsavgift ska inte tas ut om det är oskäligt. Några av de omständigheter som myndigheten särskilt kan beakta vid prövningen av oskälighet är om överträdelsen har berott på sjukdom som medfört att den avgiftsskyldige inte förmått att på egen hand göra det som han eller hon varit skyldig att göra och inte heller förmått att uppdra åt någon annan att göra det; om överträdelsen annars berott på en omständighet som den avgiftsskyldige varken kunnat förutse eller borde ha förutsett och inte heller kunnat påverka; vad den avgiftsskyldige gjort för att undvika att en överträdelse skulle inträffa, eller om det är fråga om en enstaka överträdelse som saknar betydelse i kontrollhänseende eller är obetydligt med hänsyn till syftet med den bestämmelse som har överträtts.
Bestämmelserna om sanktionsavgift finns i 40 §, 40 b § och 50 a – 50 g §§ fiskelagen (1993:787) samt bilaga 1 till förordningen (1994:1716) om fisket, vattenbruket och fiskerinäringen.
I vissa fall kan en befälhavare också påföras prickar för överträdelser av bestämmelserna om förhandsanmälan. Prickar kan då också påföras fiskelicensinnehavaren för fiskefartyget. För överträdelser av bestämmelserna om förhandsanmälan påförs tre prickar.
Om befälhavaren har tilldelats 18, 36, 54 respektive 72 prickar ska ett förbud att verka som befälhavare meddelas honom eller henne. Vid 18 prickar meddelas ett förbud för en period om minst två månader, vid 36 prickar meddelas ett förbud för en period om minst fyra månader, vid 54 prickar meddelas ett förbud för en period om minst åtta månader och vid 72 prickar meddelas ett förbud om minst ett år.
Samtliga tilldelade prickar ska raderas om befälhavaren inte gör sig skyldig till ytterligare ett allvarligt brott eller en allvarlig överträdelse inom tre år från det senaste allvarliga brottet eller den senaste allvarliga överträdelsen.