Tillståndsprövning enligt miljöbalken
Myndigheten deltar i ansökningar om vissa tillstånd och dispenser inom miljöbalkens område. Prövningarna handlar huvudsakligen om tillståndsansökningar enligt 11:e kapitlet (vattenverksamhet) och 9:e kapitlet (miljöfarlig verksamhet) i miljöbalken.
Vanligtvis är det mark- och miljödomstolen som beslutar om dessa tillstånd. När det gäller miljöfarliga verksamheter så är det ibland miljöprövningsdelegationen vid länsstyrelsen som beslutar i ärendet.
Med stöd i miljöbalken arbetar Havs- och vattenmyndigheten för att nuvarande och kommande generationer tillförsäkras en hälsosam och god miljö. Havs- och vattenmyndigheten har ett särskilt ansvar för att den vattenanknutna biologiska mångfalden bevaras och att hänsyn till den tas i enlighet med miljöbalkens regler.