Dela på Facebook Dela på Twitter Skicka e-post Skriv ut

Taggar: Miljöövervakning Publikation Rapport

Miljöövervakning av växtplankton i Kattegatt och Östersjön med rDNA-barcoding och mikroskopi

En jämförelse av molekylärbiologisk metodik och mikroskopi.

Omslag för publikation

Sammanfattning

Växtplankton utgör en viktig del av den marina näringsväven. Därför pågår nationell och regional övervakning av växtplanktons förekomst i tid och rum i haven runt Sverige.

För att utföra övervakningen på ett kostnadseffektivt sätt behöver flera metoder kombineras. I den här rapporten presenteras resultat från en jämförelse av mikroskopbaserad analys av växtplankton med resultat baserade på rDNA-metabarcoding. Provtagning skedde med hjälp av ett så kallat Ferry-Box-system i juli 2013 på arton stationer längs en salthaltsgradient (ca 3-24 psu) från Bottenviken via Bottenhavet och Egentliga Östersjön till Kattegatt.

Författarna föreslår att rDNA-barcoding av plankton införs i marina över­vakningsprogram i Sverige som komplement till annan metodik. Förutom att rDNA-data ger högupplöst information om biologisk mångfald, så har rDNA barcoding ett lågt pris per prov om många prover analyseras och är inte beroende av mikroskopisters skicklighet att identifiera organismer. Införandet föreslås innehålla följande delmoment: 1. Pilotstudie – rDNA-data för ett helt år jämförs med mikroskopi och flödescytometri; 2: Sekvensering av vanligt förekommande arter som saknas i referensdatabaser; 3: Standardisering av provtagningsprotokoll; 4: Standardisering av metodik för sekvensering; 5: Utveckling av qPCR för utvalda skadliga arter; 6: Standardisering av dataflöden och jämförelser med inter­nationella referensdatabaser; 7: Uppbyggnad av system för datahantering hos nationell datavärd och 8: Utveckling av bedömning av miljöstatus gällande t.ex. biodiversitet och invasiva arter baserat på rDNA data.

Dela på Facebook Dela på Twitter Skicka e-post Skriv ut

Taggar: Miljöövervakning Publikation Rapport