(tidigare benämnt marina direktivet) utgör miljöpelaren i den maritima strategi som har utvecklats inom EU. Genom direktivet har man skapat en ram för en samlad EU-politik på det marina området. Syftet är att skydda och bevara den marina miljön, förhindra att den försämras och att, när det är praktiskt möjligt, återställa miljön där den har påverkats negativt. God miljöstatus ska uppnås i Europas marina miljöer till år 2020. Havsmiljödirektivet gäller alla EU:s marina vatten inklusive den ekonomiska zonen. I havsmiljödirektivet, liksom i andra EU-direktiv, finns särskilda instruktioner som anger att man ska ta hänsyn till redan existerande överenskommelser och EU-direktiv.
Värt att notera är att EU:s vattendirektiv och havsmiljödirektiv överlappar varandra i kustzonen.
Havs- och vattenmyndigheten är den myndighet som ansvarar för det praktiska genomförandet av havsförvaltningen. I förlängningen kommer de föreskrifter och åtgärder som vi beslutar om att innebära att även andra myndigheter kommer att få ansvar för att Sveriges åtaganden enligt direktivet uppfylls.