Fiskerikontrollen styrs genom årliga tillsynsplaner som omfattar samtliga insatser på fiskerikontrollens område. Verksamheten regleras till övervägande del av gemensamma direktverkande EU-förordningar beslutade av minister rådet eller EU kommissionen. Havs — och vattenmyndigheten kan besluta om kompletterande föreskrifter för kontrollens genomförande.
Verksamheten genomförs i nära samarbete med Kustbevakningen som ansvarar för att genomföra fiskerikontroll till sjöss. Samverkan sker också med Tullverket, Transportstyrelsen, Polisen och länsstyrelserna.